Počet maloplošných zvláště chráněných území v Kraji Vysočina
Po zrušení okresních úřadů přešlo do péče Kraje Vysočina 128 přírodních rezervací a přírodních památek. Počet maloplošně chráněných území se v průběhu dalších dvou desetiletí postupně zvyšoval až na současných 152, přičemž největší nárůst souvisel s implementací NATURy 2000, kdy bylo na základě podrobného mapování cenných biotopů v rámci území Kraje Vysočina vyhlášeno 65 evropsky významných lokalit, které se buď již z části překryly se stávajícími chráněnými územími, nebo byla v řadě případů jejich ochrana následně zajištěna i pro Českou republiku obvyklou formou maloplošně chráněného území. Tento způsob ochrany byl preferován rovněž s ohledem na péči, nutnou k zachování předmětu ochrany nově vzniklých evropsky významných lokalit.

Celková plocha maloplošných zvláště chráněných území
V roce 2001 činila souhrnná rozloha přírodních rezervací a přírodních památek okolo 3,1 tisíce hektarů, v současné době jde již o rozlohu kolem 4 tisíc hektarů. Nárůst chráněných ploch přímo souvisí se zajištěním co možná nejlepší péče o zvláště chráněné druhy a cenná společenstva, a to především v rámci vymezených evropsky významných lokalit, jejichž rozloha v území působnosti Kraje Vysočina je však významně vyšší - činí okolo 5,5 tis ha.

Důvody zvyšování počtu maloplošných zvláště chráněných území jsou legislativní - evropským právem nařízený vznik evropsky významných lokalit a dále jde o postupné vyhlašování lokalit, jejichž přírodní cennost je trvalá. Kraj Vysočina ročně vyhlásí ca 1 - 2 nové přírodní rezervace nebo památky, počet lokalit, které by zasluhovaly tuto ochranu lze odhadovat na několik desítek.

Vyhlašování přírodních rezervací a přírodních památek je výhodné z pohledu ochrany přírody: plánovitost, pravidelnost a dlouhodobost činností, signalizační význam - předmět ochrany nebude "omylem" zničen, z odborného hlediska dlouhodobá kontinuita (možnost časové komparace) - zlepšování zásahů, z pohledu obcí a Kraje Vysočina: lepší možnosti externího financování péče, propagace území, podpora turistického ruchu, z pohledu veřejnosti: chráněná území jsou v České republice tradiční - časově (od 19. stol.), geograficky (vyspělejší státy Evropy), snaha o zachování trvalých hodnot (objektivní celospolečenský význam), edukativní význam, kladné hodnocení většinovou společností i odbornou veřejností, apod.

Cena managementu
Realizaci managementu ve zvláště chráněných územích převzal kraj až po zrušení okresních úřadů, z čehož vyplývá, že první managementová opatření byla součástí krajského rozpočtu až v roce 2003. Kraj v roce 2003 vynaložil 4,1 mil. korun na nejvíce nezbytná opatření (zejména kosení) vybraných ploch ve zvláště chráněných územích.

Tato částka se postupně zvyšovala jak v souvislosti se zajištěním co nejkvalitnější péče o zvláště chráněná území, tak i s potřebou udržení jejich zlepšeného stavu po realizaci projektů k podpoře biodiverzity a rovněž v souvislosti s inflací - tj. adekvátním navýšením příspěvků vlastníkům či nájemcům pozemků za provedený management. V roce 2019 vynaložil Kraj Vysočina na péči o zvláště chráněná území 7 miliónů korun. Další zvýšení výdajů v roce 2020 vychází mimo výše uvedeného rovněž i z potřeby realizace šetrnějších postupů asanace a obnovy v lesních zvláště chráněných územích s vyšším podílem smrku, zasažených kůrovcovou kalamitou. Zásahy ve zvláště chráněných územích nejsou ku prospěchu jen vzácným druhům rostlin nebo živočichů, často se jedná i o opatření k zadržování vody v krajině (opravy rybníčků, budování tůní, drobné terénní úpravy).

Aktuální vyhlašování zvláště chráněných území: Kraj Vysočina v r. 2019 vyhlásil přírodní rezervaci Výrova skála a přírodní rezervaci Knížecí seč na Třebíčsku v údolí řeky Rokytné, kde se chrání rozvolněné světlé lesy místy s charakterem lesostepí a přírodní památku Rybníček u Dolního Dvora U Lipnice nad Sázavou, kde je ochrana zaměřena na chráněné obojživelníky, např. čolka velkého. V současné době probíhají práce na vyhlášení přírodní rezervace Pyšolec a přírodní rezervace Hraběcí stolek na Svratecku, předmětem ochrany v obou rezervacích budou zachovalá lesní společenstva.

Není snadné určit, které zvláště chráněné druhy rostlin a živočichů patří v Kraji Vysočina mezi nejvzácnější. V souvislosti se změnami ve využívání krajiny jsou ohroženy celé skupiny živočichů i rostlin.

Jako skupina jsou v rámci živočichů ohroženi všichni obojživelníci - a to zejména úbytkem vhodných biotopů, které souvisí s jak s úbytkem drobných mokřadů v krajině, tak se stále intenzivnějším rybářským hospodařením. Na Vysočině je kriticky ohroženým druhem kuňka obecná, na první pohled nenápadně zbarvená žabka se zvukomalebným hlasem, od něhož je odvozeno její jméno. V malých populacích se vyskytuje na některých rybnících Telečska, severovýchodního Třebíčska a Žďárska.

V posledních desetiletích byl bohužel i celoevropsky zaznamenán i výrazný úbytek motýlů. Tento úbytek přímo souvisí s redukcí druhově bohatých luk - krajinu z větší části tvoří intenzivně využívané zemědělské plochy nebo tzv. umělé travní plochy, v obou prostředích není pro motýly dostatek vhodných bylin. V rámci evropských směrnic chráněný modrásek bahenní potřebuje svou živnou rostlinu - krvavec toten. Vlhké louky s modrásky, kteří kromě krvavce potřebují ke svému životu i mraveniště, v nichž jejich housenka dokončuje vývoj, najdeme jednotlivě na Jihlavsku či Havlíčkobrodsku.

Dalším příkladem ohrožené skupiny druhů jsou ptáci hnízdící ve stromových dutinách. K silně ohroženým druhů patří dudek chocholatý, vzácně se s ním můžeme setkat ve světlých dubových lesích v údolí řeky Jihlavy či Rokytné.

Z rostlin jsou jako i vzhledově nezaměnitelná skupina ohroženy orchideje. Druhově početnější lokality orchidejí se v rámci Vysočiny nacházejí zejména na Svratecku. Velmi vzácný vstavač osmahlý patří v rámci Vysočiny ke kriticky ohroženým druhům.

Rovněž velmi vzácná jsou společenstva rašeliništních mechorostů. Na Českomoravské vrchovině má své centrum rozšíření srpnatka fermežová, celoevropsky ohrožený druh, typický pro zachovalá rašelinná společenstva. Tyto cenné plochy jsou legislativně chráněny, značná část z nich se nachází přímo na centrální Vysočině.

Ohroženy jsou ale i rostliny sušších stepních stanovišť. Na Třebíčsku je možné se na jaře potěšit krásou silně ohroženého koniklece lučního, vzácně rostoucí ho na výsušných stráních bývalých pastvin.

Omezení vlastníků a nájemců pozemků v maloplošných zvláště chráněných územích se nijak neliší od omezení na jiných pozemcích s výskytem zvláště chráněných nebo vzácných druhů rostlin nebo živočichů, tj. je třeba na nich hospodařit citlivě tak, aby tyto druhy (předměty ochrany ve zvláště chráněných územích) nebyly ohroženy. Pro hospodařící subjekty je vyhlášení zvláště chráněných území přínosem v tom, že jsou jasně lokalizovaná a dlouhodobě nastavená (často i dohodnutá) pravidla hospodaření. Finanční výhody spočívají v tom, že je zde nižší daň z nemovitosti, příspěvek na provádění péče ve vlastní režii a náhrady za případné omezení činností. Mezi výhody pro uživatele pozemků lze též zařadit zájem státu (kraje) o údržbu pozemků - pomoc při plnění zákonné povinnosti řádného hospodaření.

Spolupráce s vlastníky a nájemci při péči o pozemky v přírodních rezervacích a památkách se trvale zlepšuje, více než polovinu ploch obhospodařují vlastníci a nájemci na základě dohod s Krajem Vysočina.